3-indoleddiksyre er en slags plante-auxin. Auxin har mange fysiologiske effekter, som er relatert til konsentrasjonen. Lav konsentrasjon kan fremme vekst, og høy konsentrasjon vil hemme vekst til og med drepe planter. Denne hemmende effekten er relatert til om den kan indusere dannelsen av etylen. De fysiologiske effektene av auxin manifesteres på to nivåer. På mobilnivå kan auxin stimulere delingen av kambiumceller; stimulere forlengelsen av grener og hemme veksten av rotceller; fremme differensiering av xylem og floemceller, fremme stiklinger rot og regulere morfologien til callus. På orgel- og hele plantenivå fungerer auxin fra frøplante til modning av frukt. Auxin kontrollerer reversibel rødlysinhibering av hypokotylforlengelse hos frøplanter; når den overføres til undersiden av skuddene, produserer den grengeotropisme; når den overføres til bakgrunnsbelysningssiden av skuddene, produserer den grenfototropisme; 3-indoleddiksyre forårsaker apikal fordel og forsinker bladets aldring. Auxin fremmer blomstring, induserer parthenokarp fruktutvikling og forsinker fruktmodning.